台南市政府根據中央流行疫情指揮中心公告資訊，台灣尚無嚴重特殊傳染性肺炎社區群聚感染案例，徵詢衛生專業單位意見，決定二０二０台南古都國際半程馬拉松於三月一日如期辦理，鼓勵全民走出戶外健身，養足體力共同抗疫。
這次半程馬拉松賽事共有二０一一九人報名參賽，其中二九八名外籍人士有一０四名為境外選手。教育局為落實阻絕傳染風險於境外的防疫目標，已婉退所有境外中港澳籍及預計二月十五日後自中港澳入境、轉機之選手，並密切留意中央疫情指揮中心資訊辦理各項防疫措施，齊力打造安全的運動賽事。
教育局表示，二月五日已通知報名選手填寫自主健康調查表，拒絕須居家隔離、居家檢疫者、有被衛生單位健康追蹤及要求自主健康管理之民眾參賽，主辦單位將全額退費；十六日前申請退賽，主辦單位也會全額退費。
教育局強調，為落實防疫工作，確保參賽選手健康，當日取消起跑前健康操，改由選手自行暖身，現場規劃管制動線、體溫量測、手部清潔消毒、填寫健康聲明卡等防疫措施。相關賽事及退費等資訊，公布在「臺南古都國際半程馬拉松」粉絲專頁。
