國立台灣史前文化博物館南科考古館開館近一個月，累計入館參訪人次超過七萬人次，由於南科考古館內的常設展及特展廳展出豐富古文物吸引民眾目光，考古館建請民眾多利用大眾運輸工具參訪，不僅可節能減碳也能避免塞車。
南科考古館表示，自十月十九日開館後，每逢週末連假遊客眾多，常有機車違規停放在南科保警隊前的人行道上，阻礙附近交通及行人通行，為避免衍生交通問題，可多搭乘大眾運輸工具，其中平日搭乘高鐵的旅客，可於高鐵台南站六號月台，搭乘免費接駁車（綠線）至南科考古館：平日搭乘台鐵的旅客，於台鐵南科站搭乘免費接駁車（紅、橘、藍線）或是台鐵善化站搭乘免費接駁車（棕線）都可到達南科考古館。
因應假日參訪遊客，南科管理局試辦「假日商圈線」免費接駁車，假日行駛七班次（行駛路線：Park 17商場→民生水塔→台鐵南科站→南科實中→社區中心→Park 17商場），民眾假日可搭乘「假日商圈線」於Park 17商場下車至南科考古館參訪。
