因應中國大陸新型冠狀病毒肺炎疫情嚴峻，新竹市政府三日表示，為確保參賽人員與工作人員的安全與健康，避免疫情擴大，原訂二十三日舉辦的「二０二０新竹市城市馬拉松」將停止辦理，後續退費機制十二日公告於「新竹市城市馬拉松粉絲專頁」。
新竹市教育處長黃錦能指出，中央流行疫情指揮中心決議，為維護師生健康，高中以下學校開學日延後兩週到二十五日開學，新竹市相關大型活動也配合辦理取消或延期。為防堵疫情擴散，「二０二０新竹市城市馬拉松」決定取消辦理，對於已完成報名的海內外約一萬二多名跑者，以及協助賽會的二千二百四十名志工、五百五十六名義交警察、八十名裁判及兩百名工作人員，行程所受的影響感到抱歉。為達到防疫無漏洞，仍必須宣布停辦。
教育處表示，「二０二０新竹市城市馬拉松」停賽涉及的相關退費機制、參賽物資寄送等相關停賽配套措施，將於十二日公告於「新竹市城市馬拉松粉絲專頁」，請報名參賽的跑友注意。