提高防疫層級，十一日起暫緩港澳居民來台，各大學港澳生也在禁止之列。南部地區港澳學生人數最多的成功大學，十日為止，已有一百七十三人由校方統一至機場接回或自行返校，而台南大學有三名港澳生為了及時回到學校，還緊急改機票，搭晚班機在十一日（今）零時前入境。
成大九、十日兩天陸續安排專車從高雄、桃園機場接回港澳學生，並在尊重學生意願的前提下，協助於校外租屋處或學校宿舍進行十四天的「居家檢疫」管理。成大表示，學生住校居家檢疫，成大不額外收住宿費，但三餐由學生自行負擔，校方協助訂餐與送餐。
目前成大目前尚有八十三名港澳生未能返校，另外一百九十九名陸生也暫不能來台。校方也表示，對於未能返校的中港澳學生將提供修業配套措施。
台南大學港澳生共有四十一名，目前已有二十八人回到學校；南大表示，十日消息一出，就有三名學生趕緊改機票，搭晚班機在十一日零時前入境，經統計可返校的共二十八人，其餘十三人中有一人確定不再回南大就學，十二名港澳生及二十四名陸生未能如期返校。
嘉南藥理大學港澳生有三十八人，九日前有十六人已返台，有十六人在十日返台，其餘四人滯留香港，一人滯留澳門。除部分居住校外學生，已經連絡當地里長合作並由環安衛中心持續關心協助外，其餘在學校進行居家檢疫。至於無法返台之學生將啟動安心就學方案。
長榮大學港澳生共六十八人，有十四人寒假持續留在台灣，十九人在九日前返回，目前居家隔離；六人十日搭機返台。
崑山科大港澳生十八人，其中九人已在台灣，尚未入境的九人中，四人十日晚間入境，其中一人住校外宿舍已通報里長做居家隔離十四天，三人住校內宿舍，已規劃獨立宿舍隔離十四天，由校方送餐。餘五人自十一日起依政府規定暫緩入境。
南台科大港澳生共計六十一人，其中四十餘人已在台灣，除包含未出境的十六人，其餘已自行居家檢疫或自主健康觀察。
台南應用科大共有港澳生廿八人，目前抵台的港澳生有八人，尚有廿人來不及返台。
台首大二十二名港澳生，目前僅有一人入境；中華醫事科技大學並無港澳生，但有四人曾過境香港的台籍學生，目前正在租屋處進行健康自主管理。
各大學均表示，針對因防疫而不能返校的中港澳學生，已啟動安心就學方案，提供彈性修業機制、線上課程教學及相關配套措施，讓學生的課業學習不中斷，將疫情的影響降至最低。
