台南機場台南—香港國際航班，受到政府暫停港澳人士來台政策，華航宣布即日起至三月二十七日航班取消，後續航班待疫情發展而定。航空站指出，台南、香港航班每日對飛，因載客數下滑，原規劃取消週三、週六航班，如今受到疫情波及，將暫停該航線。
台南香港國際航班從二０一三年七月十八日開航至今，曾創下榮景，載客數相當高，然隨著種種因素，旅客人數逐年下降。根據台南航空站統計，二０一七年和一八年相較，人數減少七千餘人，降幅約一成；而二０一九年和二０一八年比較，載客數更從六萬六千餘人，降為五萬四千餘人，減少百分之十七點八五，航班也從前年的三六二架次（來回算一架次），下降為三三三架次，減少百分之八。
台南往返香港線人數減少，旅行業者分析，從台南飛往香港者，多為經商、或是學生為主，因飛往香港時間不佳（午去午回），加上機場為民軍機場共用限制，對飛的飛機機型相對也受到限制，旅遊者還是多選擇高雄出發，尤其台南至小港機場快線開通後，更增強旅遊者至高雄搭機意願。
據了解，華航原本就有意從二月起，停飛週三、週六載客率最低的架次，碰上疫情衝擊，港澳人士無法來台，乾脆直接宣布停飛至三月二十七日，後續航班，將待疫情發展情況而定。至於因工作、就學等因素，非得前往港澳者，目前仍有其他班次前往，不過航空業者、旅行業者和台南航站目前也「心驚驚」，繼先前越南一度禁止台灣越南飛航，擔心為控制疫情，日本恐是下一波目標，屆時台南大阪航線恐也受到衝擊。
