強化武漢肺炎防疫以及確保業務能在疫情逐漸升溫下正常運作，台南市動保處於新營辦公室戶外設置洽公服務檯，統一受理案件，讓民眾直接於戶外洽公。
動保處表示，因應武漢肺炎疫情增溫，提升防疫層級，動保處辦理實名制登記洽公及分區辦公演練。防疫管制演練包含「單一窗口洽公」、「管制進出及消毒」、「實名登記」及「分區辦公」等措施。為降低辦公處所因密閉空間人員出入複雜而導致疫情發生，動保處於新營辦公室戶外設置洽公服務檯，統一受理案件，讓民眾直接於戶外洽公；櫃檯並設有透明隔板阻擋飛沫，以保障民眾與公務人員之健康安全，外送餐飲或郵件、物品遞送同樣於洽公服務檯辦理。
另外，民眾洽公時經測量額溫正常、消毒雙手以及攜帶身分證明文件進行實名制登記，以利日後如有疫情發生，可即時溯源追蹤。
動保處指出，由於武漢肺炎病毒生命力極強，據報導可以在鞋底生存五天時間，所以鞋底可能也是新冠肺炎等病毒的傳染管道之一，對於進入辦公室之公務員，除了上述之防疫管制措施外，鞋底需於大門口之消毒踏槽踩踏消毒，以避免機械攜帶病原進入辦公室內。
動保處並同步進行分區辦公模擬演練，將新營辦公室三樓大會議室及實驗室改造為臨時辦公室，分配各業務單位一半人員至該處辦公，以確保防疫期間業務不中斷。
