小琉球近幾年吸引大量遊客，從十年前二十萬以下的遊客數，到去年超過四十萬的人潮，卻也使環境發出警訊。屏東縣府表示，杉福及漁埕尾兩個著名潮間帶，經過多年超量遊客的踩踏已經明顯受損，強化管理體制與規範已勢在必行。
屏東縣府為保育珍貴的小琉球潮間帶生態，並兼顧當地的觀光發展，於一０八年開始進行環境衝擊的生態調查計畫，並透過委託國立中山大學團隊辦理，先針對杉福及漁埕尾兩處著名潮間帶進行調查。
調查指出，被眾多遊客踩踏的導覽區內生物的種類數目和個體數量，都比導覽區外少約百分之三十，顯示踩踏造成的影響；另外，兩個潮間帶的生物密度和五年前同期調查結果相比，就數字上大約就少了百分之八十，也顯示過去五年的觀光人潮已造成生物數量明顯減少，就算考慮採樣變異及大環境氣候變遷的影響，推測至少也減少了百分之五十以上。
小琉球繼日前法籍少年浮潛觸摸海龜被函送法辦後，海巡署再接獲民眾檢舉，指稱四月二日小琉球漁福沙灘附近海域，發現一名浮潛遊客出現騷擾及腳踩海龜行為，並提供一段所錄影片，希望能夠找出影片中人嚴懲。海巡署立刻要求所屬南部分署第五岸巡隊立即展開追查，目前已循線查出涉嫌之遊客相關資料，將通知當事人到案說明。
小琉球當地民眾前晚於臉書社群知名論壇張貼一段民眾於小琉球浮潛所錄之影片，顯示一名潛水遊客騷擾及腳踩海龜不當行為；同時海巡署亦接獲民眾檢舉，希望能夠尋獲影片中之涉嫌遊客。第五岸巡隊於接獲查辦命令後立即展開調查，經連夜追查後，順利查出涉嫌遊客之基本資料，將通知到案說明。
海巡署也再次呼籲遊客在小琉球浮潛賞龜時，一定要把握「不接觸、不干擾、不餵食」三不原則，以免受罰。