萊豬開放進口前夕，行政院宣布凡訂有乙型受體素零檢出的地方自治條例一律無效，並警告公務員若依各地自治條例查禁萊豬，將送懲戒；雖然之後又說行政院不會主動要求懲戒，但強硬的態度非但不能止息紛爭，反而更凸顯民進黨政府為了替萊豬護航，企圖使盡一切能用的手段。
照行政院政務委員羅秉成的說法，相關自治條例無效與不予核定的理由是「不合法、不合理、不可行」，因為針對瘦肉精零檢出已報院的十七縣市自治條例或原有自治條例規範，只能用「亂」字形容，有「規範標的」不同、「行為態樣」不同、「法律效果」不同三大問題。他強調食安標準要全國一致，要統一規範才能利於遵行。
依《中央法規標準法》規定，「法律不得牴觸憲法，命令不得牴觸憲法或法律，下級機關訂定之命令不得牴觸上級機關之命令」；《地方制度法》也明定，「自治條例與憲法、法律或基於法律授權之法規或上級自治團體自治條例牴觸者，無效」。表面看來，政院既已公告萊豬安全容許值的行政命令，各縣市瘦肉精零檢出的自治條例，確有扞格之處；各縣市對於萊劑「規範標的」、「行為態樣」及「法律效果」不同，也是難以否認的事實，因此行政院此舉似乎不無道理。
不過，依據大法官釋字第七三八號解釋，各地方政府基於公益，本來就可以因地制宜，擬定比中央政府更嚴的措施，為人民把關；而在實務上，目前包括食安、治安等很多法律，地方也都有比中央更嚴格的標準；也就是說，地方「各自為政」，既非必然違法，事實上也早已存在。羅秉成聲稱食品安全問題不能因地制宜，先前的大法官第七三八號解釋「不適用」，顯然是既不恰當也逾越分寸，更破壞體制。
就我國憲政制度來看，中央與地方發生法律爭議，大法官會議的解釋具有決定性的法律效果，羅秉成身為政務委員，為政策辯護固然無可厚非，但他竟然直指大法官解釋「不適用」，這就不只是「撈過界」，而且明顯破壞憲政秩序。試問，行政院可以決定大法官解釋違不違憲嗎？果真如此，政務委員豈不是「太上大法官」嗎？行政權豈不是凌駕司法權之上嗎？
另外，釋字第七八五號解釋也明白指出，人民之健康權，為憲法所保障之基本權利，「旨在保障人民生理及心理機能之完整性，不受任意侵害」，國家於形成相關法律制度時，應符合對相關人民健康最低限度之保護；並且強調「凡屬涉及健康權之事項，其相關法制設計不符健康權最低限度之保護要求者，即為憲法所不許」。換言之，憲法只不容許「相關法制設計不符健康權最低限度之保護要求」，對高於「健康權最低限度之保護要求」的法制設計，並不反對。
目前國防部、退輔會、警政署、教育部等部會，都宣布禁用萊豬，農委會也禁用萊劑餵豬，足見萊豬確有其風險。從保障人民健康權的角度看，各縣市瘦肉精零檢出的自治條例，顯然是於法並無不合、於理並無不當、同時也務實可行。
事實上，在目前大法官幾乎都是蔡英文總統提名的狀況下，即使藍營執政縣市未來聲請釋憲，最後的結果仍然可能對行政院有利。唯一可以扭轉局勢的，只有推動公投、訴諸民意一途；儘管民進黨政府未必會遵守公投結果，但至少要讓不顧人民健康的執政者承擔政治責任。