運河水質近年明顯改善，但運河盲段在季節交替之際依舊水質不良，市府首度投入一千兩百萬元委託進行可行性方案研究評估，期望透過模場試驗、水質調查及臭味分析了解汙染來源，找出良策。
全長五三八０公尺的台南運河，過去因民生汙水流入造成水質不佳，導致溶氧偏低、水色混濁，水利局指出，除積極推動汙水下水道系統及汙水截流工程外，並將原本排入運河的民生汙水透過用戶接管及截流站排入安平水資源回收中心處理後排放，搭配底泥清淤作業，已為安平運河杜絕九成汙染來源。
但新臨安橋至金華橋、長度約五百四十公尺的運河盲段，每逢春秋交替時的「翻騰效應」（運河水體垂直擾動），底泥會造成水質不良，或雨季時配合水資源回收中心防汛需求關閉截流站，關站期間運河週邊雨水排水排入運河造成短期水質惡化。
這次市府首度投入一千兩百萬元，委託工研院進行台南運河水質改善可行性研究，預計執行至明年十一月。水利局說，計畫包括運河環境背景及水質水量臭味背景調查分析；水質改善方案研擬及比較評估；盲段區域模場建置暨效能測試驗證 ；模場驗證成果及優化建議，研擬台南運河整體水質改善的最佳策略，將依評估成果，爭取經費進行後續改善作業。
