這波疫情大爆發，航空公司機組員檢疫、自主健康管理天數改為「三加十一」，以及華航防疫旅館諾富特飯店群聚感染，都被認為是重大破口。但衛福部為何改為「三加十一」？卻儼然是在黑箱中進行決策，連衛福部長陳時中都前言不對後語。這個黑箱固然有必要追查到底，但更令人質疑的是，整個防疫決策過程還有多少黑箱？
有關於國籍航空公司機組員返台後檢疫、自主健康管理的規定，從元旦至四月十五日共實施三個版本。第一個版本是依據衛福部疾管署去年十二月二十八日發布的新聞稿，七天居家檢疫加七天加強版自主健康管理（七加七），自今年元旦起實施；第二個版本是依據二月二十三日嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心第六十八次會議決議，改為「五加九」，自三月十二日起實施。第三個版本，即四月十四日衛福部發布新聞稿改為「三加十一」，自四月十五日起實施。
引爆爭議的「三加十一」，是因民進黨不分區立委范雲在四月一日召開的協調會中「強烈建議」而改；但之後中央流行疫情指揮中心到底是由誰再主持會議「接受」范雲的「強烈建議」，卻傳出不同版本。陳時中先是說由副指揮官、內政部次長陳宗彥主持，但此說法遭到質疑；之後傳出是陳時中本人主持，此說法雖未獲證實，但陳時中卻改口說「我負責」。更離奇的是，這麼重要的決策轉變，不但誰主持會議都搞不清楚，連會議紀錄也沒有，這麼離譜的黑箱作業，請問蔡總統能接受嗎？
其次，前兩個版本，都是在發布新聞稿或開會決議之後數日實施：第一個版本是去年十二月二十八日發布新聞稿、今年元旦起實施；第二個版本是二月二十三日開會、三月十二日起實施。但是，第三個版本卻是發布新聞稿後次日即開始實施。試問，為什麼要這麼趕著實施？即使是陳時中也知道，二月份就有人投訴諾富特飯店有「混住」情況，直到四月十五日都還沒改善，也要趕著四月十五日就改為「三加十一」，讓華航機組員以身涉險？
陳時中面對諾富特群聚，曾說「公文跑不贏病毒」，但改為「三加十一」卻幾乎是在公布後隨即實施，看來「新聞稿跑得贏公文」。再者，「三加十一」決策沒有會議紀錄已令人難以接受，但即使是衛福部發布該新聞稿，也是要由疾管署人員擬稿，再經疾管署、衛福部層層核閱，再由衛福部高層核定發布。即使沒有會議紀錄，難道衛福部也查不清楚這個新聞稿的產生過程？如果衛福部連部裡如此重要的新聞稿都查不出來龍去脈，民眾豈能相信中央流行疫情指揮中心查得清楚那麼多的確診足跡和源頭？
其實，不僅「三加十一」決策被質疑為黑箱，公布確診足跡也早被質疑為資訊不透明：有名嘴提前公布足跡，也曾有議員公布與中央疫情指揮中心不同版本的足跡；五月初傳有確診華航機師居住在台北市某國宅，卻未出現在中央疫情指揮中心公布的足跡當中。確診足跡資訊不透明，自然增加地方政府防疫以及民眾自保的困難度。
更令人擔心的是，疫苗採購也儼然出現黑箱：為何綠營派系被質疑想從中牟利？為何由民進黨立委擔任召集人的「疫苗採購調閱專案小組」從不開會？為何政府力挺國產疫苗被質疑為炒股？
面對黑箱質疑，蔡政府不該說清楚嗎？
