沙洲及潟湖是海岸天然的第一道防波堤及滯洪池，如未及時辦理復育工程，恐對沿海整體防災功能造成嚴重影響。台南市政府水利局於縣市合併後，已投入約兩億六千萬元辦理沙洲復育工程，目前已有效減緩沙洲退縮速度，並以潟湖永續發展為目標。
水利局表示，因為受到全球暖化氣候變遷的影響、極端事件災害的頻率增加、上游水庫興建及坡地水土保持工程、中下游河川疏濬以及海岸漁港的興建等因素，造成了海岸地區砂源減少、受到阻斷，使得砂源補充不足，海岸侵蝕沙洲退縮嚴重。以青山港沙洲為例，民國八十三年至九十八年期間，每年即以平均五十公尺的速度退縮，七股潟湖的面積也因此越來越小。
水利局自縣市合併後迄今，於北門區及七股區共計辦理三十件沙洲復育工程，總經費約兩億六千萬元，復育沙洲面積約七十八公頃，復育沙洲長度約十六公里，疏濬潟湖土方約九十三萬方。
根據衛星影像判讀，青山港沙洲於一０一年至一０七年期間，退縮速度已大幅減少，從每年平均五十公尺減緩為六公尺。若比較一０五年至一０七年變化，全線則呈現穩定甚至部分區域有往外海成長趨勢，沙洲復育已有初步成效。
水利局說，復育方法大致從兩個方向著手，首先是減少外在的侵蝕因素，主要係利用竹樁、海事固袋及沙腸袋等近自然工法，消減波浪及暴潮能量，達到減緩沙洲侵蝕的效果；另一部分則是加強沙洲內在的防護強度，主要以抽砂養灘、編籬定砂及搭配植生復育，達到加高培厚沙洲的效果。
