儘管陳吉仲已辭去農業部長，但混蛋風波並未平息，越來越多的事證顯示，農業部不但涉嫌圖利特定廠商，還公然指使廠商將進口蛋標示為國產蛋，可見混蛋風波其實是主管部門一手造成，但蔡政府現在卻官官相護，並未追究元凶；而理應整飭官箴、糾彈不法的監察院，至今也毫無動作，更增加民眾對蔡政府的憤怒與不信任感。
由於國內缺蛋，供不應求，政府大量自國外進口雞蛋。此一作法看似合情合理，但先是製造日期與有效日期的標示出現問題，擺明有大量進口蛋過期，繼而又發現數以百萬計的進口蛋不知去向。最近藍營執政縣市更陸續查出，許多蛋商混合進口蛋和國產蛋製成液蛋，產地則標示台灣，一場混蛋風波因而越演越烈。
按照官方說法，自今年三月至七月底，政府共進口雞蛋一億四千多萬顆雞蛋，但現在卻不得不銷毀其中五千四百萬顆，原因就出在過期；立委更爆料還有三千萬顆也即將到期，儘管農業部目前否認，但至少已證明農業部既未掌握即時資訊，也缺乏調節市場供需能力，才導致納稅義務人的錢被白白浪費，這當然是嚴重的失職，不只必須追究行政責任，其中若有官商勾結、圖利特定廠商等非法情事，更要追查其法律責任。
然而，除了閣揆陳建仁敷衍塞責的口頭道歉、陳吉仲迫於壓力請辭之外，完全看不出民進黨政府有任何悔意，更沒有認真追究責任的作為。
值得注意的是，農業部對於進口蛋的數量、流向、效期和用途，始終不肯提供確實完整資料。經過藍營執政縣市相互通報、聯合追查，才發現農業部不僅是混蛋事件的共犯，更是首謀。
根據新北市衛生局稽查三家蛋品業者，自六月起接受中央畜產會委託代工，用巴西進口蛋製成冷凍殺菌液蛋，再依農業部提供產品產地為「台灣」的標示樣張，貼標後全數繳回中央畜產會；其他縣市也發生同樣情形。涉案的蛋品業者都異口同聲，強調是依照農業部的要求，標示樣張也由農業部提供。顯而易見，明明進口蛋卻標示為台灣蛋，完全是由農業部一手主導、強勢要求業者配合的一場爛戲。
由於銷售進口蛋或代工製作液蛋，卻把產地標示台灣，都涉及偽造文書及違反食安法，勢將面臨檢方追究刑責及官方重罰，配合農業部要求的業者當然人人喊冤。可是衛福部長薛瑞元卻公開表示，將針對標示不實的廠商開罰，「農業部並不是標示單位，所以不會罰」。換言之，先前指使業者捲入涉嫌偽造文書、違反食安法的農業部官員絲毫無事，而在官方強制要求下無奈配合的業者卻要扛起所有責任，試問這公平嗎？
更令人氣結的是，台農蛋品負責人公開指出農業部要求「擔下來」，陳建仁卻說沒有人要他擔下來，那是他自己的說法，業者標示錯誤，本來就是罰業者。這不只是推卸責任，根本就是入人於罪。不遵照政府機關指示，會吃苦頭；遵照政府機關指示，卻要受到法律制裁。試問，這要業者如何是好？這樣惡質的政府還能信賴嗎？
甚且，行政院副院長鄭文燦，不但負責進口蛋跨部會協調，還兼任行政院消保會召集人，可是這些天來的進口蛋黑箱作業和種種弊端，都彷彿與他絲毫無關，既不接受國會監督，也不需要負任何責任。試問，這樣能平息民怨嗎？職司風憲的監察院難道不應該主動調查嗎？
