在外界預料之中，賴清德宣布由卓榮泰組閣，相關人事也將陸續發布。除了明顯可見「賴家軍」的色彩之外，幾個關鍵位置都是獨派當家，這不僅顯示賴清德用人唯親的強勢作風，也預見他未來會對大陸採取更強硬的態度，這對兩岸關係當然會是雪上加霜！
從已披露的人事看來，將出任閣揆的卓榮泰在二０二四大選中，擔任賴清德競選總部全國總督導，內定副院長的鄭麗君是國政顧問團召集人，可能接總統府秘書長的潘孟安則是競選總部總幹事。他們都是賴清德的輔選功臣，色彩鮮明，唯賴之命是從，任用他們不能說完全沒有道理。
不過，陳水扁二０００年執政的首任閣揆，是任命國民黨籍的唐飛；蔡英文二０一六年上台後第一任閣揆，則是任用無黨籍的經濟學者林全。這固然與民進黨缺乏人才有關，但也說明陳水扁和蔡英文的起手式，都是希望以政治性不強的執政團隊，降低朝野衝突，緩和兩岸關係。
但賴清德卻在任期開始，就選擇旗幟鮮明的綠營人馬組閣，固然不無處理朝小野大局面的考量，卻忽略當前國家需要與兩岸局勢之嚴峻；一味強調卓榮泰擅於協調溝通，而忽視其行政首長歷練不足、缺少統籌全局能力及前瞻視野的弱點。這對想要以信賴團隊為核心，貫徹個人意志，確保國政運作順暢的賴清德，顯然是一大挑戰。
值得注意的是，內定國防部長由現任國安會秘書長顧立雄調任，外交部長吳釗燮則回任國安會秘書長。表面上看，他們在蔡英文時代都已長期受到重用，賴清德再度任用似乎只是「蔡規賴隨」，意在維持過渡時期的穩定。不過，深入探討，這兩項人事安排都不免有可議之處。
首先，文人國防部長若不是與軍方有深厚淵源，就是對軍事有深入研究，或是當時國防發展與其專業密切有關。當前兩岸情勢緊繃，國防壓力與日俱增，而軍隊訓練、戰力卻每況愈下，演習意外與軍紀事件頻傳，新任國防部長必須在短時間內就能全面整頓，有效提升士氣，但律師出身的顧立雄與軍方素無淵源，對國防也涉獵不多，如何順利推動國防改革？又有什麼資歷與威望足以擺平各軍種之間紛爭？
至於吳釗燮，在外交部長任內邦交國接連斷交，被國人視為最不適任的部長之一，回任國安會秘書長就能使國安工作做得比以前更好嗎？
更嚴重的是，吳釗燮與顧立雄以往不僅都對中國大陸採取敵視態度，而且立場十分強硬；再加上未來可能在國際事務上扮演重要角色的蕭美琴，都早已被中共當局公開定位為「台獨頑固分子」，如今他們又被賴清德重用，除了意味賴清德政府的國安、國防、國際事務全由「台獨頑固分子」擔綱，也曝露賴清德從一開始就不打算妥協，而是準備要與大陸當局硬碰硬。可以想見，原本就對賴清德「務實台獨工作者」疑慮甚深的中共當局，將會對賴清德更有戒心，兩岸關係的改善自然也越來越難。
另外，從吳釗燮與顧立雄的新職也可以看出，美國對於賴清德國安團隊的重要人事，影響力極大。在美陸關係競爭已成主調、時有傳出摩擦的情況下，台灣勢將成為美陸對抗的焦點，持續「倚美抗中」路線的民進黨政府，當然會承受更大的壓力。這固然是賴清德的抉擇，卻會由台灣兩千三百萬人民承擔後果！
